Das Gemeindewappen entspricht dem Schilde der 1255 bis 1369 urkundlich genannten Kyburger Dienstleuten von Wiesendangen (genannt Herren von Wiesendangen) und der von ihnen sich abzweigenden, bis gegen Ende des 15. Jahrhunderts bestehenden Familie Hofmeister von Frauenfeld. Gemäss der Chronik von Johannes Stumpf (1547) setzte Jos Murer in seiner Karte des Zürcher Gebietes von 1566 den Schild der Herren von Wiesendangen unmittelbar neben das Dorf. Die Zürcher Wappenrolle schreibt dem Geschlecht in weissem Schild ein schwarzes, nach aussen eingerolltes, aussen gekerbtes Bocksgehörn zu. Man deutete es in Anlehnung an den Ortsnamen, aber zoologisch unrichtig, als Wisentgehörn. Die Verbindung der zwei Hörner, welcher eigentlich die Bedeutung eines Stückes der Schädeldecke zukommt, hat den Darstellern des Wiesendanger Wappens immer wieder Schwierigkeiten bereitet. Letztmals am 2. Juni 1928 hatte der Gemeinderat über das Wappen befunden, es soll nach Meinung der antiquarischen Gesellschaft möglichst unverändert beibehalten werden.